Adaptación del siguiente artículo Installing Zabbix 1.8 on Debian 5.0.3 from Source para mysql. Además se corrigen algunos detalles para que todo funcione a la primera.
La instalación se realizará desde las fuentes.

Consideraciones para seguir la guía:

La instalación la hago en una máquina limpia, recien instalada.
Por comodidad, he metido la ip de esta máquina en el /etc/hosts, llamandola zabbix, por lo que toda referencia a http://zabbix/ se puede cambiar por la ip que estéis utilizando.

Instalación de paquetes:

aptitude install build-essential fping apache2 libsnmp-dev libcurl4-openssl-dev libapache2-mod-php5 php5-gd php5-mysql libiksemel-dev libssh2-1-dev libmysqlclient-dev mysql-server

Obtenemos las fuentes y creamos el usuario

adduser zabbix
su - zabbix
wget http://downloads.sourceforge.net/project/zabbix/ZABBIX%20Latest%20Stable/1.8/zabbix-1.8.tar.gz
tar xzf zabbix-1.8.tar.gz
Al crear el usuario os pedirá un password.
Podéis mirar aquí las últimas versiones de Zabbix.

Preparación MySQL:

mysql -u root -p
create database zabbix character set utf8;
GRANT all ON zabbix.* TO zabbix@localhost IDENTIFIED BY 'passwordsupersecreta';
quit
mysql -u zabbix -ppasswordsupersecreta zabbix < zabbix-1.8/create/schema/mysql.sql
mysql -u zabbix -ppasswordsupersecreta zabbix < zabbix-1.8/create/data/data.sql
mysql -u zabbix -ppasswordsupersecreta zabbix < zabbix-1.8/create/data/images_mysql.sql

Compilación e Instalación:

cd zabbix-1.8
./configure --enable-server --enable-agent --with-mysql --with-net-snmp --with-libcurl --with-jabber
make
su -
cd /home/zabbix/zabbix-1.8
make install

Modificación y creación de ficheros necesarios:

/etc/services: (Añadir al final)

zabbix_agent 10050/tcp
zabbix_trap 10051/tcp

mkdir /etc/zabbix
chown -R zabbix.zabbix /etc/zabbix/
cp -a misc/conf/zabbix_* /etc/zabbix/
/etc/zabbix/zabbix_server.conf (modificar y dejar estos parametros así):

DBUser=zabbix
DBPassword=passwordsupersecreta

cp misc/init.d/debian/zabbix-server /etc/init.d
cp misc/init.d/debian/zabbix-agent /etc/init.d
/etc/init.d/zabbix-server (modificar y dejar estos parametros así):

DAEMON=/usr/local/sbin/${NAME}

/etc/init.d/zabbix-agent (modificar y dejar estos parametros así):

DAEMON=/usr/local/sbin/${NAME}

chmod 755 /etc/init.d/zabbix-server
update-rc.d zabbix-server defaults
chmod 755 /etc/init.d/zabbix-agent
update-rc.d zabbix-agent defaults

Arrancando el servicio:

/etc/init.d/zabbix-server start
/etc/init.d/zabbix-agent start
ps -aux | grep zabbix
Deberían salir varios procesos de zabbix_server y zabbix_agentd. Sino es así, comprueba los path en los ficheros copiados a /etc/init.d.

Preparar página de Zabbix:

mkdir /var/www/zabbix
cd /var/www/zabbix
cp -R /home/zabbix/zabbix-1.8/frontends/php/* .
chown www-data:www-data conf

Modificar el php.ini para que cumpla los requisitos:

/etc/php5/apache2/php.ini (modificar y dejar estos parametros así):

max_execution_time = 300
date.timezone = Europe/Madrid
post_max_size = 16M
mbstring.func_overload = 2

/etc/init.d/apache2 restart

Configurar la web del Zabbix:

Abrir en un navegador http://zabbix/zabbix/index.php y seguir los pasos, son muy intuitivos y solo pedirá datos que hemos especificado anteriormente.

Listo! Ya podemos acceder a Zabbix y configurarlo:

URL: http://zabbix/zabbix/index.php Datos de acceso: Admin / zabbix
Ahora ya solo queda empezar a manejarlo, meterle hosts, definir alertas, que se envíe por mail, por sms… etc.
Yo también me lo pregunto, cuando lo averigue subiré otra artículo, que por ahora solo lo he instalado.